Polymérase chaîne réaction et électrophorèse

La PCR consiste à amplifier une portion d’un segment d’ADN choisie avec des amorces spécifiques par la complémentarité des bases, afin d’étudier ses caractéristiques. Cela se déroule en trois étapes :

1. Dénaturation
2. Hybridation
3. Elongation

L’ADN (Acide DésoxiriboNucléïque) est le support de l’information génétique de tous être vivant. A l’heure actuelle on le représente comme une hélice, composé de deux brins distincts. Chaque brins se forment par un enchaînement de 4 nucléotides constitués d’un désoxyribose, d’un phosphore et d’une base purique (A, G) ou pyrimidique (T, C) (adénine, thymine, cytosine, guanine) complémentaires deux à deux : A, T et C, G.

 Pour lire des PCR, on utilise un gel d’agarose : électrophorèse.

  

L’électrophorèse permet la séparation de fragments d’ADN  dont la taille varie de quelques centaines de nucléotides à 50 kilo-bases par le passage d’un courant électrique

 

 Pour cela on utilise une solution électrolyte (TBE) afin de faciliter le passage du courant.

La lecture, consiste à exposer aux UV le gel qui, grâce à la présence de BET (bromure d’éthidium) inclut dans le gel lors de sa préparation qui va s’intercaler entre les nucléotides, va émettre une fluorescence. Cette fluorescence sera retransmise sur un écran.

Pour faire migrer tous un génome, le champ pulsé (cuve électrophorèse plus perfectionné) va utiliser un courant alternatif, et modifier son orientation, dans notre cas l’angle entre les deux champs électrique est de 120°  afin d’aider le génome à migrer dans le gel d’agarose.

comme représenté sur l'image ci-dessous:

Ces techniques sont de plus en plus utilisées pour la classification des bactéries et autres micro-organismes.

étude sur le complex BURKHOLDERIA CEPACIA

Le genre Burkholderia  fait partie de la famille des BURKHOLDERIACEAE qui se rangent dans l’embranchement des β^-protéo-bactérie :

On recense dans ce genre 4 groupes d’espèces pathogènes humaines :

·         Burkholderia mallei

·         Burkholderia pseudomallei

·         Burkholderia gladioli

·         Burkholderia cepacia complex

Ces espèces ont été différenciées des Pseudomonas auxquelles elles avaient été apparentées.

Les Burkholderia sont des bacilles, gram -, aérobie stricte, mobile, catalase+, oxydase variable. Elles peuvent se développer en utilisant comme source de carbone : le glucose, glycérol, inositol, galactose, sorbitol, mannose et mannitol.

Parmi Les espèces répertoriées, des recherches plus poussées notamment sur le pourcentage de réassociation ADN_ADN ont permis une meilleure classification.  C’est la raison pour laquelle fut créée le Burkholderia cepacia complex regroupant aujourd’hui 17 espèces :

Espèce	Habitat
B. ambifaria	Homme, sol, rhizosphère
B. anthina	Homme, tortue, sol, rhizosphère, l'eau de rivière, usine, contaminant hôpital
B. arboris	Homme, des sols, rhizosphère, l'eau de rivière, les contaminants industriels
B. cenocepacia	Homme, des sols, rhizosphère, usine, l'eau de rivière, contaminant industrielle
B. cepacia	Homme, des sols, rhizosphère, usine, l'eau de rivière
B. contaminans	Homme, moutons, contaminant plante
B. diffusa	Homme, des sols
B. dolosa	Homme, plante, rhizosphère
B. latens	Homme
B. lata	Homme, des sols, rhizosphère, usine, l'eau de rivière, contaminant industrielle
B. metallica	Homme
B. multivorans	Homme, des sols, rhizosphère, usine, l'eau de rivière, contaminant
B. pyrrocinia	Homme, des sols, rhizosphère, l'eau de rivière
B. seminalis	Homme, des sols, rhizosphère, plante
B. stabilis	Homme, contaminant de l'hôpital, plante
B. ubonensis	Homme, sol
B. vietnamiensis	Homme, des sols, rhizosphère, usine, l'eau de rivière, contaminant industrielle

Les espèces du Bcc sont souvent retrouvées dans l’environnement rhizosphèrique (système racinaire), eaux de rivière et sols mais également en clinique sur des prélèvements de patients atteints de mucoviscidose et au niveau des solutions injectables et antiseptiques.